空談誤國的作風使他在治理北海時，出現了很多問題，而且關鍵時候他很難控制自己的情緒獻帝召見郗慮和孔融，問孔融：“鴻豫有什么特長？”

孔融回答說：“可與他適道，但不能與他共權變。”

郗慮反駁：“孔融曾經治理北海國，政事松散，人民流散，他的權變在哪里?。　?br>
郗慮和孔融之間的關系變得十分緊張。

建安十三年（208年），曹操準備對孔融下死手了。

他指使大臣路粹羅織孔融的罪名，加上郗慮誣陷所奏，足可以將孔融置于死地。

路粹數奏孔融罪狀：“少府孔融，此前在北海國相任上，見漢室不寧，召集徒眾，圖謀不軌。

孔融常自稱：‘我是圣人后裔，祖上在春秋時滅于宋國。

享有天下者，為何一定是卯金刀？

’孔融曾經與孫權的使者交談，言論肆意誹謗**。

而且孔融身為**九卿，不遵守**禮儀，禿巾私行，冒犯宮廷禁忌。

孔融曾經與白衣禰衡私下交談，言辭放肆，說什么：‘父親對于兒子，有什么親不親？

討論本意，不過就是父親泄欲的結果罷了。

兒子對于母親，又有什么親的呢？

就如同寄物缶中，出則離矣。

’孔融與禰衡相互吹捧，禰衡稱孔融‘仲尼不死’，孔融稱禰衡‘顏回復生’。

真可謂大逆不道，應該處以極刑……”曹操對除掉政敵孔融，是經過深思熟慮的。

他早就研究透孔融最看重孝行，以孝聞名：孔融在任北海相時，在路上看見一個人在墳墓邊哭亡父，孔融覺得他是假哭，因為他的臉色看不出憔悴。

孔融就以“哀而不實”為由殺了此人；孔融曾遇到一個盜賊偷了鄰家熟麥，被鄰居告發(fā)。

孔融聽說此人是因自己**病愈后想吃新麥，才這樣做的。

孔融不但沒有罰他，反而認為他“勤養(yǎng)于母”，賞賜了這個盜賊。

《御覽》二百六十二引《秦子》：“孔文舉為北海相，有遭父喪，哭泣墓側、色無憔悴，文舉殺之。

有母病差，思食新麥，家無，乃盜鄰人熟麥而進之，文舉聞，特賞之。

盜而不罪者，以為勤養(yǎng)於母也；哭而見殺者，以為哀而不實也?！?br>
曹操明白要想徹底除掉孔融，消除他的影響力，僅僅要了他的性命是遠遠不夠的，而曹操自己又是個專權人物，自然不能拿“忠君”來說事，那就只能用“大不孝”來對孔融治罪。

只有拿出證據證明孔融不孝，才能將孔融消除凈盡。

于是就出現路粹對孔融奏疏的罪狀，用筆墨最多的就是他不孝的方面。

9月26日，孔融被曹操下令處死。

孔融被殺后，整個許縣沒有一個人敢為他收尸。

之前，有個叫脂習的京兆人，曾任太醫(yī)令，常跟隨漢獻帝劉協車駕。

他曾多次勸說孔融讓他改掉嘴炮的惡習，孔融根本不聽。

脂習得知孔融被殺后，跑上前，撫尸痛哭說：“文舉，卿舍我死，我當復與誰語者？”

哀嘆不止，他因此還差點被曹操殺掉。